Kemitraan nasional adalah bentuk keterlibatan program studi dengan mitra kerja yang berada di dalam negeri, seperti program studi sejenis, asosiasi profesi, organisasi guru dan ikatan alumni. Kemitraan nasional tersebut diwujudkan dengan kegiatan kerjasama antara mitra seperti pertukaran dosen tamu, pelatihan , penulisan artikel jurnal, penelitian, pertukaran narasumber dan pengabdian kepada masyarakat mitra.

Beberapa kegiatan kemitraan nasional tersebut adalah

1. PPKn telah menjalin kerjasama dengan prodi sejenis di luar UNS seperti : Prodi PPKn Universitas Negeri Semarang, Prodi PPKn Universitas Negeri Malang, Prodi PPKn Universitas Mataram dan Prodi PPKn Universitas Muhammadiyah Malang. Kegiatan umumnya berbentuk pertukaran dosen tamu.
2. PPKn telah menjalin kerjasama dengan Asosiasi Pendidik Pancasila dan Kewarganegaraan (AP3KnI) dan Asosiasi Guru Pendidikan Pancasila dan Kewarganegaraan (AGPPKn) dalam bentuk pelatihan dan pendampingan artikel jurnal.
3. PPKn UNS telah melakukan kemitraan dengan Musywarah Guru Mata Pelajaran (MGMP) PPKn baik jenjang SMP dan SMA, dalam bentuk kegiatan pelatihan pembelajaran.
4. Kerjasama Prodi PPKn FKIP UNS dengan Seamolec dalam bentuk pelatihan bagi mahasiswa perihal teknologi pembelajaran.
5. Kerjasama Prodi PPKn dengan pemerintah daerah kabupaten/kota dan atau desa dalam rangka Kuliah Kerja Lapangan.
6. PPKN UNS membentuk dan terlibat dalam Forum Prodi PPKn se Indonesia. Kegiatan yang dilakukan adalah mengadakan konferensi mitra tiap tahun dan bergantian tempat penyelenggaraannya.